Buenas, igual digo una tontería o no he entendido bien lo que quieres hacer, pero si quieres lanzar un archivo .bat desde el navegador, no tienes más que ponerlo como un enlace:Lanzar el bat hay que descartarlo que ya lo he prabado todo...
Saludos
<a target="_blank" href="a.bat">navi</a>
al hacer click en el enlace te pregunta si quieres descargarlo o ejecutarlo.
A mi me funciona en XP ie8.